与苏伊士运河这类海平式运河（运河的两头海平面基本处于同高度，逆转全河道也无明显水位差问题，逆转且全河道水面高度基本与海平面同高，不需要依靠水闸来解决水位差问题）不同，巴拿马运河高出海平面26米。

作为水闸式、两日连跌阶梯式运河，巴拿马运河没有挖通太平洋和大西洋，而是用一条航道连接了陆上数个淡水湖泊。

运河两侧的大西洋和太平洋海平面高度也不一致，创储官由于海水密度、洋流以及地球自转产生的地转偏向力等影响，太平洋整体水位比大西洋高出约50厘米。

由于高低落差的存在，月员放巴拿马运河采用了分级船闸的方式，月员放船舶进入船闸后，船闸通过蓄水将船舶抬升，每个闸室抬升船舶米左右，在经过3个闸室的3次抬升后，船舶驶入海拔26米的加通湖（巴拿马中部的人工湖），通过加通湖后再以同样的方式进行3次阶梯式下降，直到水位与海平面持平。

每艘船舶通过运河时都需要消耗约2亿升淡水，最佳周表虽然并非所有的水都会浪费掉，最佳周表但船舶通过船闸时会伴随着船闸的开合，每次都会有数百万升淡水流入大海。

例如一艘来自大西洋的货轮，风将放缓想要通过巴拿马运河进入太平洋，风将放缓需要先进入航道，一路航行11公里左右驶至加通水闸，船只在3座水闸的作用下升高26米进入加通湖，进入加通湖后的船需要通过一段人工渠航行至新的水闸点，再经过3个水闸依次降低高度，通过水平航道后驶入太平洋，从第一道船闸起算，船舶通过运河一般需要8～10小时。

(责任编辑：轻质大包大颗粒珍珠岩)